現在のコロナ禍において、PCR検査に関する経理仕訳に頭を悩ませている経理担当者は多いでしょう。

勘定科目の選択のみならず、消費税の取り扱い、所得税の源泉徴収など、悩むポイントは多いですよね。

仕入税額控除の誤りや源泉徴収の漏れなどは、一歩間違えれば税務調査で指摘される恐れもあります。

国税庁の案内なども交えながら、その判断のポイントについてご紹介していきます。

PCR検査費用の勘定科目は？

従業員がPCR検査を受けた際の費用を会社が負担する場合、どの勘定科目を使用するのが良いでしょうか？

給与課税扱いになるかが判断のポイント

PCR検査費用の勘定科目を選択するうえで、その支出が給与課税扱いとなるか否かが重要なポイントとなります。

国税庁の通達によると、企業が業務上必要と認め、会社指示により従業員にPCR検査を受けさせた場合は給与課税の対象にならないとされています。

業務のために通常必要な費用（例えば、企業の業務命令により受けたPCR検査費用や、テレワークに関連して業務スペースを消毒する必要がある場合の費用など）について、その費用を精算する方法により、企業が従業員に対して支給する一定の金銭については、従業員に対する給与として課税されません（企業が検査機関や委託先等に費用を直接支払う場合も同様です。）。

国税庁HP：国税における新型コロナウイルス感染症拡大防止への対応と申告や納税などの当面の税務上の取扱いに関するＦＡＱ

逆に、従業員が自己の判断で受けたPCR検査費用を会社が負担するような場合は、給与課税の対象としなければならないようです。

ただし、業務のために通常必要な費用以外の費用（例えば、従業員が自己の判断により受けたPCR検査費用や、従業員が自己の判断により支出した消毒費用など）や、予め支給した金銭について業務のために通常必要な費用として使用しなかった場合でもその金銭を企業に返還する必要がないものは、従業員に対する給与として課税対象となります。

国税庁HP：国税における新型コロナウイルス感染症拡大防止への対応と申告や納税などの当面の税務上の取扱いに関するＦＡＱ

給与課税の対象とならない場合は厚生費として処理

給与課税の対象とならないケースでは、「厚生費」や「福利厚生費」として仕訳計上するのが一般的です。

取り扱いとしては、法定の健康診断を従業員に受けさせた場合などと同じような考え方となるため、「厚生費」「福利厚生費」など、普段健康診断費用の計上に使用している勘定科目を選ぶと良いでしょう。

借方	貸方
（福利厚生費）2,000	（普通預金）2,000

給与課税の対象となる場合は給与として処理

給与課税の対象となるケースでは、「給与」として仕訳計上するとともに、所得税の源泉徴収をおこなう必要があります。

会社としてお金を払ってPCR検査を受けさせたというよりは、従業員の個人的なPCR検査費用の金額分、その従業員の給与を増やしてあげたと考えると分かりやすいでしょうか。

給与が増えたという扱いのため、当然源泉徴収額の計算をする際にも考慮しなければなりません。

借方	貸方
（給与）150,000	（普通預金）136,800
（給与）2,000	（預り金）15,200

PCR検査費用の課税区分は？

それでは、課税区分はどのような扱いとなるのでしょうか？

PCR検査をはじめとした医療機関に対して発生する費用は、非課税と認識されている方が多いと思います。

国税庁のHPには、以下のような通達がされています。

(9)社会保険医療の給付等
健康保険法、国民健康保険法などによる医療、労災保険、自賠責保険の対象となる医療など
ただし、美容整形や差額ベッドの料金および市販されている医薬品を購入した場合は非課税取引に当たりません。

国税庁HP:タックスアンサー№6201　非課税となる取引

ここでいう「健康保険法、国民健康保険法などによる医療」とは、簡単に言えば健康保険証を見せて医療費が2～3割負担となるような診療です。

つまり、保険が適用されずに全額自己負担の自由診療などは、非課税取引にはあたらないのです。

以上をふまえて、課税区分の判断ポイントについて考えていきましょう。

通常は課税取引の場合が多い

通常、PCR検査費はインフルエンザの予防接種などと同様に、保険が適用されない自由診療であるケースが多いです。

その場合は、課税取引として処理をおこない、仕入税額控除に含めることとなります。

たしかに、通常であれば給与は課税仕入には該当しないケースが多いですが、現物給与となる場合の課税仕入れの考え方については、国税庁から以下のような通達がされています。

事業者が使用人等に金銭以外の資産を給付する場合の当該資産の取得が課税仕入れに該当するかどうかは、その取得が事業としての資産の譲受けであるかどうかを基礎として判定するのであり、その給付が使用人等の給与として所得税の課税の対象とされるかどうかにかかわらないのであるから留意する。

国税庁HP:法令解釈通達　課税仕入れの範囲

つまり、必ずしも給与だからといって不課税取引になるとは限らないのです。

もし、このようなケースに該当する場合は、顧問の税理士や管轄の税務署に確認をすると良いでしょう。

公費負担や保険適用となる場合は注意

PCR検査には、検査費用が「公費負担」や「医療保険適用」となる場合があります。

医療機関や自治体にもよりますが、本人に発熱の症状がある場合や濃厚接触者に該当する場合などは、自己負担無しの全額公費負担や、健康保険適用で受けられる場合があるようです。

その場合は、上述した非課税取引の条件に該当するため、仕入税額控除からは除くこととなります。

このあたりは判断が難しいですが、領収書として発行される診療明細書に記載される、費用負担割合を確認し、「全額自己負担」であるか「保険適用で一部自己負担」であるかによって判断すると良いでしょう。

まとめ

PCR検査費用の経理処理についてご紹介しました。

消費税の取り扱いや給与課税となるかどうかについては、判断を誤ると税務調査で指摘される恐れがあります。

書籍や国税庁のFAQなども参考にしながら、正しい処理をおこなえるようにしましょう。